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人类也被称为李林lilin，作为莉莉丝的后裔，在使徒的眼中人类也是使徒，只是个体的at力场相当微弱。
反at力场，正如字面上的意思，可以抵消at力场。人类失去了自身的at力场，将无法维持自我，也就无法维持形体，成为一滩橙汁一般的lcl液，精神或者说灵魂依然存在。
eva系列的各个机体来源不一，有些是莉莉丝的复制体、有的是亚当的复制体，还有亚当的残骸建造。
初号机，莉莉丝的复制体，搭载了莉莉丝的核心，可以说是莉莉丝的分身。但是，核心中并非莉莉丝的灵魂，而是碇真嗣母亲碇唯的灵魂。十多年前，碇唯提出核心直连技术，如果成功，人类就算是制造出了真正的神。之后，碇唯亲自作为试验体，结果实验失败，碇唯融入初号机核心，成为初号机的控制系统，她的情报遗留下来，克隆了凌波丽，并成为莉莉丝灵魂的载体。
是以seele也称初号机为虚假的神，鉴于实验失败seele已经放弃初号机，只是作为打败使徒的道具，碇源渡却用初号机进行自己的计划。只要获得生命之果，再有一个强大的灵魂，初号机就可以完全觉醒，直达神之境地，可以成为引发冲击、补完人类的道具。
此时，机缘巧合之下，初号机觉醒的条件齐备。
初号机觉醒，手臂躯干上分布的绿色荧光涂装变成红色，十多对光翼冲上高空，头顶开启漆黑的guf之门，一圈圈红色的波纹扩散。
guf之门，不知连通到哪个空间或者宇宙，能量爆发伴随巨大的吸力，第三新东京市特殊装甲出现一个十字形裂口，在那股吸力下翻卷，彻底给撕成了四瓣，一片暗红色的光辉中，大地分崩离析，一栋栋大楼飞上半空，支离破碎，第三新东京市就此毁灭。
与此同时，初号机与nerv终极教条中的莉莉丝共鸣，莉莉丝本体没有了隆基努斯之枪的压制，也开始觉醒，存在于生命因子中的程式，开始运作。
将生命之源比作一个拥有自我意识的机器人的话，身体是硬件，意志是软件，灵魂是自我意识。所以，即便没有灵魂，条件达到，莉莉丝也会按照既定好的程序，开启生命进化的程序。
位于地底深处的黑之月也开始运作，大地剧烈震动，已近不属于地震的范畴，整个就是翻天覆地，大地引力变化，什么东西要冲出地面。
当然如果就这么完成第三次冲击，人类补完计划显然会失败，还有两个使徒没有消灭，它们不会让仪式顺利完成，人类进化所需的因子也不足，可以说，人类补完计划，就是抢夺使徒的进化成果，以此促进人类的进化。
seele不会坐视不管，早早派出渚薰驾驶六号机，在第三新东京市上空待机，就是为了以防万一。只是事情的发展再次超脱了seele的剧本，竟然同时出现两个使徒，nerv总部无法阻挡两个使徒，不得不让六号机加入战斗。
现在初号机觉醒，再次违背了seele的剧本，第三次冲击即将爆发，让渚薰阻止第三次冲击
如果以前，确实会听从命令，平静地接受自己的命运。如今渚薰的想法已经改变许多，
凭什么一定要人类完成补完人类就真的优秀，真的算是成功的生命，注定是天地的主宰
绝对不是，也许当初初始种族的想法本身就存在错误，人为影响生命的进化本身就是一个错误，初始种族也没说一定要人类获得最后的胜利，对于整个世界来说，怎么样都是无所谓的吧比起那些，自己和自己在乎的人更加重要对吧
nerv中央教条的废墟当中，碇源渡和冬月耕造艰难地爬出地面，正好目睹初号机的觉醒。
碇源渡希望初号机觉醒，并为此制定了详细的计划，就连他的儿子碇真嗣也只不过当做棋子看待。现在初号机觉醒了，但是似乎与他的计划并不同，他此时也不清楚具体状况。
碇源渡终究只是人类，什么总司令之类的头衔，也不能让他什么都不依靠就飞上天，满是阴谋诡计的大脑，也不会增加他一点体力。智慧当然重要，但是许多问题并不是单靠智慧可以解决的，碇源渡有生以来再一次，深切感觉到身为人的无力。
趁着两个使徒来袭，所有eva忙于迎战无暇分身，兰斯大肆破坏nerv的基础设施，以至于，整个基地百分之九十以上的机能失效。
兰斯冲进终极教条的时候，碇源渡也只能眼睁睁看着兰斯肆无忌惮，不对，他根本看不到，因为停电，他被困在电梯里，想要成神的男人，豪言即使是神的意志也不能阻挡，竟然被困在小小的电梯里怨念
沿着紧急逃生的坑道，爬出来的时候，碇源渡和冬月耕造都是灰头土脸，几次差点摔死，应了祸害遗千年那句话，老碇凭借坚强的意志，终于活下来，成神什么的先喘口气再说。
果然还是要成为神松了一口气的老碇，再次坚定信念，并且思索眼前的局面的状况，以及怎么利用。
初号机觉醒期间，渚薰已经夺回卡西乌斯之枪，战斗力暴涨，三下五除二将第十使徒的生命之果穿透，只是这颗生命之果原本是四号机的，第十使徒依然活动，渚薰将其肢解，找到真正的核心彻底粉碎，才打败第十使徒。
“觉醒了吗真嗣君，你没事”
“薰君，这是怎么回事凌波，她”
“侵蚀型使徒对她的精神，造成了一些影响，以至于潜藏在体内的莉莉丝的灵魂觉醒。”渚薰解释凌波丽变化的缘由，“浅层意识沉睡，完全的莉莉丝的灵魂，不带杂质，这倒是省了许多麻烦。”
“莉莉丝那现在”真嗣从兰斯口中知道人类补完计划，自然知道莉莉丝是什么，具体的灵魂之类的，他可搞不明白，外界世界末曰一般的景象，已让他心慌意乱。
“没错，现在就是第三次冲击的前兆，不过，这一切可不在老人们的剧本中。老人们要我阻止第三次冲击，不过，在做决定之前，我想问问莉莉丝的看法，不过，这个过程需要花一些世间，现在情况可不太妙。”
情况确实不太妙，远方升起许多道十字形的光柱，光焰烟尘之中，依稀可以看到一个个巨大的影子，轰隆隆地接近。
“那些是什么eva”真嗣分辨出那些巨人的形态与eva非常类似。
“进化之后的人类，因为是强行进化，形态并不完全，本能地想要回归莉莉丝，不是很强，但是数量太多。”
西南方向的天边，一只明亮巨大的的鸟形物体正在迅速接近，六对巨大的发光的翼翅，应该是第十一使徒。这还没完，距离第三新东京市不远的大海翻腾着，其中隐约可以看到一个巨型的生物，那是一个前端如同花苞，后部又与章鱼类似，一条条红色光鞭一样的触手，身体四周是水母一般的发光裙带一般的奇异使徒，第十二使徒。