北洋系内部也不平静，北京政.府任命各省督军命令颁布后，很快发生了冯国璋和张勋互争地盘的纠纷。
张勋的地盘应该是在安徽，但他的总部却设在徐州，并将陇海线徐州以东的广大地区据为己有。这些地区是无疑是属于江苏的，冯国璋对此早就很不满。
但是，在袁世凯末期，他正想利用冯、张两人的这一矛盾而视若不见。冯国璋顾及袁的态度，所以只得隐忍。袁死后，督军命令发表后，冯认为不能再容忍了，因此电请张勋移驻安庆以符合定制。
那知张勋却告诉冯，他除了安徽督军一职外，还兼长江巡阅使。江苏是在长江流域内，长江巡阅使驻防徐州不能说不符定制。
冯接了这个电报，气得要死，和张勋无理可讲，便向北京政.府提出辞职。
冯辞职当然是一种姿态，是敦促北京下令张勋让徐州。北京政.府这时对这种事也是有心无力，只能委婉地劝张自动让防，张勋根本不理。
八月二十九日，冯再电北京政.府，历数辫子军在徐海一带横行不法种种，使人民痛苦不堪，冯身为江苏督军，不能坐视不理；加以张对政.府命令置之不理，政.府应该处理。于是，北京政.府再度劝告张勋移驻安庆。
那知张勋也用辞职手段要胁，他电告北京政.府宁可辞去安徽督军，也不会让徐州。
这样一来，冯、张的纠纷只好不了了之。
张勋的情况并非个案，安徽省长倪嗣冲的驻地也不在省会安庆而在江苏的蚌埠，安庆只设有督军和省长的驻省办事处。安徽的民政、财政、教育等部门都在省会安庆，省政诸事每天要用函电向蚌埠请示处理。
倪嗣冲也是一个骄横之人，怎么说也不肯离开蚌埠。北京政.府虽然一再敦促他把省长公署迁至安庆，他就是不予理会。
这表明，各路诸侯称霸的局面，已经是在形成之中。另一方面，中.央.政.府对底下的掌控，也已经是很软弱了。
六月六日袁世凯去世，六月七日陕西陈树藩宣布取消独立，六月八日四川陈宦宣布取消独立，六月九日广东龙济光也宣布取消独立。段祺瑞对这三个取消独立的地方首长采取各别不同的办法，他的目的只在于达到北洋派专政和分化护国军力量。
和湖南一样，广东这边也冲突不断。
龙济光本就是在广西护国军和广东各地民军四面包围下被迫宣布独立的。在宣布独立时，他取得了袁世凯的秘密指示和谅解。虽然独立了，却仍然和袁用密电保持往来，还曾请袁世凯调北洋军由海道开至广东以解救他的危机。袁死后，他又与继承袁的段祺瑞取得了密切联系。
护国军军务院在肇庆成立后，云南护国军第二军总司令李烈钧，根据护国军取道广西和广东向江西进兵的总体安排，率领张开儒、方声涛两个梯团，于五月十二日开到肇庆。
这时袁世凯还未死，龙济光是既不肯出兵北伐，又拒绝滇军通过广州。他所持的理由是害怕引起误会，主客两军自相冲突。
陆荣廷也害怕在广东境内引起这种冲突，因而主张对龙妥协。经和龙济光商定，滇军由肇庆经三水到琶江口，转乘火车到韶关，这样就避开了广州。
六月七日张开儒梯团到达韶关时，袁已去世，龙济光竟借此理由，电令韶关镇守使朱福全闭门不纳，迫使滇军露宿城外。
护国方与韶关守军交涉，又发生了守军在城上架炮轰击护国军事件，由此而引发了北江之战。
李烈钧率领的滇军在韶州遭遇龙济光的济军攻击后，全军极为愤慨，便对韶州发动猛烈攻击，当日便攻入韶州。
龙济光派军增援，七月三日又被滇军在源潭予以痛击，济军大败。桂军莫荣新乘机由西路攻入三水，龙被迫放弃一切，集中兵力困守广州。
龙济光不和军务院联络便擅自宣告取消独立，就是想摆脱军务院的干涉。他一直认为北洋军系是全国最强大的军事力量，依赖北洋系作靠山，他就不怕滇军和桂军。
他也时刻想着把滇军和桂军驱逐出广东，只有这样，自己在广东才能安枕。在取消独立的同时，秘密电请段内阁，要求三路出兵“援粤”。他所谓的三路就是由海道运输北洋军来粤，和江西、福建两省的北洋军由陆路开进广东。在他看来，这样就可以夹击滇军，先击败滇军再驱逐桂军。
不料这个电报却被军务院截获，由代理抚军长岑春煊通电公布。龙无法抵赖，只好伪造军务院不肯撤销和岑春煊、李烈钧两人密谋攻占广东的往还电以资抵消。
段祺瑞当然不想看到护国军继续北进，当即接受了龙的乞援电。随后便电令江西督军李纯就近调遣北洋军第六师全部开往赣南，福建督军李厚基率军开往闽南。并派萨镇冰率海军以保护外侨为名开往广州，试图把广东仍保留在北洋军的势力范围之内。
李纯已有江西，李厚基已有福建，既然有自己的地盘，对于广东就不太感兴趣。所以对段的命令阳奉阴违，只是象征地派兵，其目的是防堵滇军侵入赣、闽。
鉴于广东形势的变化，段内阁乃于七月六日发表全国各省军民长官命令时，借机对广东问题大做文章。将李烈钧调到北京“另有任用”，以陆荣廷为广东督军，朱庆澜为广东省长，龙济光为两广矿务督办。同时又任命陆荣廷暂署湖南督军，陆未到广东前，仍由龙济光暂署广东督军。
在这个人事命令中，包含了诸多玄机：其一调李烈钧入京是调虎离山，移开了广东北洋派正面的敌人。其二桂军虽然也和龙济光为敌，可是态度不似李烈钧那么顽强，所以发表陆荣廷为广东督军，就可以软化桂军。其三又派陆荣廷署理湖南督军，是阻止陆到广东接任督军，使龙济光可以继续留在广东督军位子上，以待北洋军的来援。这是一石两鸟的妙计，对滇军是调虎离山，桂军是缓兵之计。
就段祺瑞来说，处理广东问题已是煞费苦心。
段祺瑞对广东的安排引起广东人士激烈的反对，以唐绍仪、梁启超、王宠惠为首的各党各派代表，纷纷电请北京政.府罢免这个广东人民的公敌龙济光。于是段乃借口“粤事真相不明”，加派刚由湖南逃出来的汤芗铭为广东查办使，并派海军上将萨镇冰为粤闽巡阅使，借海军来向敌对方面镇压。
汤芗铭和黎元洪、段祺瑞都有相当关系。由于他是湖北人，和黎元洪是同乡，又同为海军学生出身。袁世凯未死前，冯国璋召集南京会议，汤芗铭和冯国璋都是主张袁退位的。冯这样主张，是为了自己想借南方支持登上总统宝座，汤则是自始至终主张由副总统黎元洪继任大总统。