一九一八年四月五日，孙中山再次致电陈炯明，严厉指出：“援闽之举，准备已久”，“惟攻击之令，至今寂然无闻，敌备日增，且狃于岳长之役，虏气益骄，我军顿兵不进，足以示弱。况段贼复出，积极图南，我军从事准备，增力几何？而彼则恃有外援，愈久则力愈充，及今图之，惟在速战”。
陈炯明部在粤闽边境滞留三个月，确已错过了大好战机。在此期间，其它战场的形势发生了很大变化。
在湘省，北军陷岳阳，占长沙，正向湘南推进。
在江西，陈光远已调遣兵力，袭占广东南雄。
在闽省，不仅防御准备日臻完善，而且浙江援军已经入闽，军事力量已得到较大加强。
总之，整个形势对攻闽粤军越来越不利。
到五月初，攻闽粤军已扩充至三十营，约一万二千人。在孙中山和粤军将领的逼促下，陈炯明才下达进攻命令。
其第一阶段作战计划是：许崇智第二支队四个营为左路，从蕉岭向武平、上杭进攻，得手后，进规长廷连城；
陈炯明亲自指挥第一、三、四支队和预备队为中路，分两路进攻，以第一支队和预备队共五营，从大埔进攻永定，得手后，进规龙岩，第三、四两个支队共六营，从饶平（今三饶）进攻柏嵩关以规平和；
右路则由参谋长邓铿指挥，包括第五支队三营和游击二营，集中于澄海、黄冈（今饶平）以监视诏安、云霄之敌。
粤军指挥部设在三河坝。
五月十日，粤军发动全面进攻。由于许崇智在民国元年曾任闽军师长，较有声望，战前已运动驻武平的一个营和驻上杭的一个大队倒戈附粤，故该路进展顺利，当日即占领武平，三日后占领上杭。
因中路李炳荣第一支队进攻永定受阻，许崇智当即派出二营增援，始克永定。中路第三、四支队也顺利攻占柏嵩关。
这样，闽军第一道防线完全被突破，粤军向闽省推进达五十公里，基本完成了第一阶段作战任务。
粤军稍事休整后，即准备实行第二阶段作战计划：
左路许崇智部分为二支，一从上杭进攻连城、永安，规取沙县；一取长廷清流、归化（今明溪）、将乐、顺昌，然后进占延平；
中路李炳荣第一支队和熊略预备队分别进攻龙岩、南靖；罗绍雄、邓本殷第三、四支队进攻平和，攻取漳州；
右路洪兆麟第五支队进攻云霄、漳浦。
各路若进展顺利，则继续向纵深发展，夹击福州。
不料部队尚未行动，从浙江援闽的童葆暄第一师已抵前线，闽、浙军队联合发起反攻，战局急剧逆转。
一九一八年五月二十日，北京政.府任命张怀芝为援粤总司令，吴佩孚为援粤副司令，调集北方各省军队组成援粤军，拟分三路攻粤。
段祺瑞雄心勃勃，企图一口拿下广东。
但是，吴佩孚对任其为援粤副司令一事不予理睬。张怀芝则在湘东作战时吓破了胆，已无攻粤的勇气。各路援粤军也相互观望，迟迟不动。
只有东线李厚基，处在粤军进攻正面，为保住地盘，不得不拚力作战。
五月底，童葆暄率浙军第一师赶到前线后，北京政.府任命李厚基为闽浙援粤军总司令，童葆暄为副司令。
六月四日，闽浙联军分兵三路，向粤军发动全线反攻：
以臧致平旅为左路，拟突破诏安、黄冈粤军阵地，进窥潮汕；童葆暄师为中路，从平和进攻柏嵩关，然后进取斑陂，控扼韩江，威胁粤军总指挥部所在地三河坝；
唐国谟旅为右路，收拢被许崇智部击散之溃兵，拟先取龙岩、上杭、永定，然后改取守势，牵制粤军左翼兵力。
闽浙联军投入反攻之总兵力约一万五千人，基本企图是左攻右守，首先进占潮汕，同时袭取大埔、三河坝，将粤军南北割裂，进而各个击破。
此时，陈炯明与方声涛之间已出现隔阂，滇军隔岸观火，消极怠战。粤军右路兵少力弱，饷弹不继，在闽军臧致平旅的反击下，放弃黄冈，退守汕头。
陈炯明急调许崇智之左路军一部增援，企图趁臧旅立足未稳之际，收复黄冈。不料闽军右路又乘虚而入，攻占永定，许崇智部退守岩前；粤军中路防线也被浙军突破。
激战日余，粤军在初期攻取的闽西南要地又全部丧失。接着，闽军左翼前锋深入到汕头一带，其中路已突破峰市，进逼大埔。粤军被动挨打，形势岌岌可危。
此时，陈炯明此时对北洋政.府已有“内附之意”。一面消极防御，节节退守，一面暗向北军传递函电，以示妥协。
但是，这时北军在军事上迭获胜利，气焰正盛，对陈炯明“内附”之表示置之不理，拟乘其斗志动摇之机，“一击破之”。于是闽浙军队继续穷追猛打，并以主力从左翼楔入粤境，于七月十八日攻占大埔，威胁粤军总指挥部驻地三河坝。
在此危急时刻，孙中山再次写信给陈炯明，向其分析敌我形势后指出：“兄身当敌冲，后援难恃，强敌在前，所部又饷械俱乏，处此局势，万难操全胜之算，若审慎求全，则我之兵力有限，敌之增援无穷。为兄今日计，惟有奋力前进，冒险求胜，规取闽中”。
孙中山一面反复劝导陈炯明，一面派广东军政.府参谋部长吕公望（原浙江督军），赴前线策动浙军倒戈起义，分化瓦解北军。
陈炯明见“内附”之意不被北军理睬，当面敌军又步步进逼，不得不重新组织兵力，从军事上寻找出路。
七月二十三日，他将右路之洪兆麟支队调至中路，增强三河坝一线防御力量。八月初，陈炯明集中中路粤军反攻大埔，以一部兵力从正面仰攻，分兵一部由漳溪下游攻敌侧背。经两昼夜激战，闽军不支，弃城溃逃。这时，驻守饶平的浙军第一团团长陈肇英，在吕公望等人的策动下率部起义，成立“援闽浙军”总司令部。
浙军师长童葆暄仓皇率部撤离前线，退往厦门。粤军乘势全线反攻，右翼邓铿部连克诏安、云霄、漳浦等城，直逼漳州。左翼许崇智部乘势向闽西进攻，连占武平、上杭、龙岩等地，与主力部队会攻漳州。
八月三十一日，粤军攻克漳州，继而向厦门推进。李厚基惊慌失措，逃回福州。
九月十二日，李致电段政.府，报告闽军处境危急，请辞闽浙援粤军总司令职。
段政.府一面电令李厚基坚守待援，一面急调北军从三路援闽：赣省抽调军队开赴上杭，浙省增派军队驰往厦门，海军派舰队进入厦门海面。