1914年8月，震惊世界的“第一次世界大战”在欧洲爆发了。
好容易办起《学风》杂志不得不停办，蔡元培等人的旅欧生活也笼罩在战争的阴云之下，受冲击最大的是留法俭学生。
战火愈燃愈烈，战争使法国的邮电，交通遭严重破坏，国内汇款时常中断。大部分留法俭学生由于“战祸”“经济”“学校停课”等原因，主张中断学业归国。
蔡元培大力劝说大家不要回去，在旅法学界发布了《吾侪何故而欲归国乎》一文。
他在文章里说，这个时候回国，“殆发于一时之感情，而决非深思熟虑而出之者”。劝说大家不要因一时的感情冲动而回国，从而失去观察欧战和求学的机会。
他说：“夫多见多闻，欠于上智；观赜观智，乃知天下。此次战局，为百年来所未有，不特影响所及，人权之消长，学说之抑扬，于世界文明中必留一莫大之纪念，而且社会之组织，民族之心理，其缘此战祸而呈种种之变态者，皆足以新吾人蹈常习故之耳目，而资其研究。故使吾人稍稍蓄好奇之心，有济胜之具，虽在闾里，犹将挟策裹粮，为泰西之游，而乃不先不后，会逢其适者，反谋引避，是何故耶？”
蔡元培劝说哪些想回中国的人：我们大家出来不是为了长见识吗？这不正是千载难逢的机会：其一，这是见证世界大事件进程的好机会，可以增长中国人的见识；其二，恰好可以借机观察欧洲先进国家组织动员国民应对变乱的方式。可以学习的东西太多了，怎么能回去呢？
国势的衰微，富于责任感的蔡元培，确实是太渴望从世界学到一切能对民族和国家有益的先进学问和知识了，其情感人，其言也很能打动人。
为了救助和帮助这些留法俭学生，蔡元培，李石曾等人为此组织旅法学界西南维持会。规劝这些人在事关“学问及进退者甚大”的归国问题下，“审慎而熟虑之”，同时安排学生到西南尚未停课的学校学习。由维持会代向中国驻法使馆借款或向法国学校申请缓交学费。并发放每人每月70法郎的生活费。终使留法学生情绪稳定，继续学习。
进入9月，德军迫进巴黎，法国政府迁往西南沿海城市波尔多。蔡元培，李石曾等人也于9月中旬举家避往法国西部乡间的谟觞村。
这是个人口不足千人的村庄，交通极不方便。大家都很沮丧，但蔡元培竟兴致勃勃地去考察附近的学校，和日本及我国的的同类学校相比较。足见无论何时，办学和教育在他心里有多重要。
半个月后，他们又迁至附近的一个小镇圣多耐，蔡元培一家人住在一家帽店楼上。房东是相依为命的母女，她们对素不相识的中国人的友好情义，一直驻留在蔡元培一家人的心底。不久，蔡元培等人又又移居法国南部城市都鲁尔，这时他们的生活才基本上安定下来。
在战乱和频繁的迁徙之中，蔡元培一直坚持编著工作，其重要著作《哲学大纲》，就是在这段时间完成的。
《哲学大纲》连同蔡元培的另一部著作《简易哲学纲要》，主要是依据李希脱尔、泡尔生、冯特、文德尔班等四位哲学大师的有关著作编写的，但其中也不乏他的学习体会和独立见解。
《哲学大纲》分通论、本体论、认识论、价值论四个部分。通论中阐述了哲学之定义、哲学与科学之关系、哲学与宗教、哲学之部类等问题。蔡元培认为“哲学为全体知识之学也，是学问中最高之一境”。哲学为一种“普遍之科学，哲学与科学互为因果，而又自有其领域。哲学分为系统之学与律贯之学，而系统之学又有论理学与认识论之分，律贯之学又有特别哲学与普通哲学之分”。
他指出哲学又可分为自然哲学与精神哲学。自然哲学包括宁宙论、生物学与人学，精神哲学则包括伦理学及法律哲学、美学、宗教哲学。认识论一编中，他着重论述了有关哲学“认识之概念、主观之认识、实现世界之认识、本体世界之认识、认识之程度”等几个问题。
蔡元培说：“哲学之认识同伦理之认识，对于真理或非真理所作正确之判断是也。认识分之为主观之认识、实现世界之认识、本体世界之认识，为其对象不同而性质亦有不同也。奉体论论述了何为本体论及世界之实在及性质几个问题。”
他对唯物论、实质唯识论、二元论一元论部分则分别作了说明。
关于世界“全体之实在及性质，则又举无神论、泛神论及有神论”三者予以阐明。
价值篇一编，他说“价值即意识悬一种之鹄的而欲有以达之。后则分道德、宗教思想、美学观念叙述之”。
关于哲学方面，蔡元培还有《怎样研究哲学》、《哲学要领》、《妖怪学讲义》等一系列的文章和著作。
他所以如此重视哲学问题，是因为在他看来，宋代以后，中国的哲学便趋于僵化了，到了清代，几乎无哲学思辨可言。这种学术状况，是导致近代中国全面落后的要因之一。欲救此弊，便应当大力学习西方先进的学术成果，创造中西合璧的新文化。因此，大力向国人介绍西洋的哲学就成为当务之急。
1915年春，日本向中国提出的“二十一条”披露于报端，留法学界闻悉群情激愤，汪精卫、李石曾、谭熙鸿等纷纷来到蔡元培的住处，共商对策。蔡元培依据大家议论的意见，草拟《华人御侮会会章》七条。
所拟条文倒是简明扼要，其主要内容为：
（一）、本会以凭籍己力（不倚赖政府，不倚赖军队）、济度同胞、排除外侮为宗旨。
（二）、本会会员应尽之普通责任：1、锻炼体魄；2、了解并自备适当之武器，如匕首、炸弹、手枪、毒物等；3、养成抑强扶弱之习惯；4、力持可杀不可辱之气节；5、见敌人侮我同胞者击之，事变如有株连，则挺身任之；6、不购敌人货物（书报及武器例外），7、不乘敌人船舶；8、不与敌人之银行交易，亦不用其钞票；9、不租屋给敌人；10、不售地产给敌人；11、不服役于敌人；12、华人有犯，竭力劝止之；13、有华人助敌而侮我同胞者，诛之。
（三）、本会会员得量力以尽之特别责任：1、入敌境而侦探之；2、入敌境而以相当之手段破坏敌侮我之阴谋及武器。
（四）、本会劝导同胞之种种设备：1、印刷品；2、公开或秘密的演讲会。
（五）、本会为会员尽责提供各种便利条件，如采运廉价货物，增设交通机关；收购地产，介绍职业；制备各种武器等。