长门，性别男，木叶三十年九月十九日出生于雨之国雨隐忍者村，他的父亲伊势是一名医生，母亲扶桑则是一名普通的家庭主妇，但她却有一头漂亮的红色长发，而长门的发色也遗传自其母，当时的他并不知道他的母亲其实本是涡之国漩涡一族的幸存者，而他更不知道自己因为继承母亲的血统被宇智波斑视为日后最重要的棋子。
木叶三十六年正值第二次忍界大战的第四年，雨之国因为位于三大国之间也被卷入了战火，长门的父母被当时闯入家中的木叶忍者村的忍者当成是敌人而被杀，那一天他只有六岁，而他也在那一天觉醒本应该是宇智波一族所拥有的血继限界的最终进化形态的轮回眼，可他不知道的是，他的轮回眼从来就不是属于他的，而是宇智波斑在临死前让黑绝趁他幼年时偷偷移植过去的，至此，长门的命运也就因为这么一双特别的眼睛注定了他命途坎坷的一生。
长门在失去父母后同时也失去了依靠，幸好他后来遇见与他一样有着相同既遇的弥彦与小南，三人就这样互相扶持活了下来，直到他们不小心撞见当时来到雨隐忍者村与首领「山椒鱼」半藏交战的自来也等人，当时大蛇丸提出杀死他们的建议时被自来也所拒，而自来也更是自愿性的留下来教导他们三人忍术，直到三年后自来也离开雨之国，他们为了让雨隐忍者村有个更美好的未来而成立「晓」招揽一些认同他们理念的同伴，他们的声势越来越大，也不知不觉的开始撼动到「山椒鱼」半藏的地位时，他们的危机也在这时候悄悄来到了。
木叶四十五年，木叶忍者村暗杀战术特殊部队「根」之领导志村团藏勾结雨隐忍者村首领半藏对付当时声势逐渐浩大的长门等人，弥彦为保护被当作人质的小南自愿死在长门手中，而一同加入他们的伙伴也一并遭到清算时，他知道所谓理想与梦想全是空口说白话无法实现时，他悲痛的召唤出外道魔像与之连结杀死大批雨隐忍者，之后他开始使用轮回眼的力量操控六具尸体成为他对外沟通的管道，由于支配六道佩恩的本体查克拉被黑棒所隐藏，因此很难找到长门本人的所在之处，而知道他真正位置的人也仅仅在少数之列。
『长门所操控的六具尸体分别是天道、畜生道、人间道、地狱道、修罗道、饿鬼道，至于他们生前的身份嘛……我不知道长门这些年是不是有在注意你的动向，总之除了天道是用弥彦的尸体为代表外，其它五个都是你曾经见过的人。』
『自来也，如果你坚持一定要见长门，那么你得小心，长门已经不再是你过去认识的那个孩子了，他会不惜一切的将你杀死，并且对害死他父母的木叶忍者村执行他所谓的『正义』之槌。』
『万一打不过就逃吧，没有人会笑你的，毕竟活下来比什么都重要。』
自来也虽然事先已经从宇智波闇巳得到有关长门的情报，但等他真的见到佩恩六道时他仍是不免讶异，这些年长门就像是完全变了一个人似的，虽然他有借助妙木山的青蛙与在妙木山修练而来的仙人模式，但长门下手的狼戾程度远远超出他的想象，最后他被佩恩六道砍断左手以及喉咙受到严重伤害后被佩恩六道击落沉入大海，而来自妙木山的深作则是趁机离开雨之国回返木叶忍者村通报消息。
『你一定是在想当时如果听大蛇丸的话去做，事情就不会变成这样了。』
『你根本不知道后来的我们到底怎么了。』
『弥彦？对了，曾经确实有过这么一个人，那家伙已经死啦。』
『自来也老师，你不是说过，千万不能大意吗？』
『永别了，自来也老师。』
「自来也、自来也！」
「吓──」
自来也惊醒申发现自己身处在某个房间，他不是应该死了吗？为什么会……
「终于醒过来了，你可是昏迷了七天七夜，我早不告诉过你打不过就要逃走的吗？」
「我还活着？」自来也看到宇智波闇巳露出谴责看着自己，「是你救我？」
「我感应到你的查克拉急速变弱后就立即赶到雨之国将你从大海捞起来，你的左臂被断以及喉咙受到重击，再加上佩恩六道在你的身上插入黑棒扰乱你的查克拉，且每根黑棒都精准命中你的要害，如果不马上治疗铁定当场身死。」
「黑棒……那究竟是什么东西，它居然能干扰我的查克拉。」自来也本来没有指望自己的左手会恢复，直到他抬起左手发现自己的原先断臂的左手不知道什么时候恢复而大吃一惊，「我的左手臂不是被砍断了，怎么会……」
「喔，那没什么，只不过是用阴阳遁再重新将你的左臂再生出来，只是为了构建你失去的左臂，我牺牲了一点你的头发。」
自来也闻言下意识立即摸向自己的头发顿时松了口气，说道：「好险，幸好没有变成光头，不然我这样回去村子要怎么见人……」
「大不了戴假发而已这有什么，大蛇丸不也是在夺取别人身体时还特地戴假发的吗？」
「不，我觉得大蛇丸的头发应该是真的，只是我不知道他是怎么把别人的头发颜色变成他自己的发色。」自来也不认为大蛇丸会戴假发。
「深作仙人带着你的消息回返村子时闹了不小的动静，大伙都以为你死在雨之国了，幸好只是虚惊一场，等会我就把你还活着的消息传回村子──」
「等等，长门不可能没有发现你将我救出来的事，他会不会已经……」自来也不认为长门在知道自己还活着时会放弃对木叶忍者村下手。
「不用担心，因为『晓』的成员人数大幅度骤减，所以他会先前往雷之国去捕捉八尾人柱力，不过我想他是不可能抓得到对方的，因为对方可是最擅长『断尾逃生』了。」
「断尾逃生？莫非八尾的真面目是蜥蜴？」
「……不对。」
「啊？」
「算了，你先好好静养一阵子，鸣人已经前往妙木山进行仙人模式的修练已有一段时日，如果我想的没错的话，他练就仙人模式的那一天就是长门对木叶忍者村下手的日子。」
「什么，喂──」自来也想起身叫住拉开纸门欲离去的宇智波闇巳却因为背部传来剧烈疼痛而不得不再躺回原处，「我的背……该死，还没有完全恢复吗？」
宇智波闇巳离开自来也所在的房间后辗转来到宇智波佐助等人所在的房间，原来他们在阻止飞段杀死猿飞阿斯玛时又再次离开木叶忍者村去寻找「晓」的其它成员，而迪达拉就是死在宇智波佐助之手，为了对付迪达拉宇智波佐助吃了不少苦头，但他还是顺利躲进万蛇的口中避开最后一击，万蛇也因为承受如此巨大的爆炸威力而当场殒命。