古代的蒙古人最早信仰萨满教。萨满教崇拜神灵，把世界分为三种：天堂在上,诸神居之；地为之中,人类居之；地狱在下，恶魔居之。而掌教的巫师则宣称自己集万能于一身，除了能役使鬼魅为人祛除灾难外，还能占卜吉凶，预言祸福。他主持传统仪式，代氏族成员求儿、求女、求五谷丰登、人畜两旺，为氏族成员治病等。在早期，则参与解决部落的重大疑难问题，直至决定首领的继承，战争与和平等。成吉思汗就曾设置“别乞”（教长）,专门管理萨满事务。
17世纪以后黄教虽然传入蒙古地区，但萨满教的遗迹在蒙古人的生活中仍然保存着，主要表现在以下几个方面:
祭天:祭腾格里（天）是各种祭祀活动中最重要的一种，在山丘等高处立木头或石堆等标记，以此代表“腾格里”。在每年春秋两季进行祭祀。立标的山丘被视作禁地，这是蒙古人中最普遍的祭天形式。祭天分红祭与白祭。红祭时用整羊或羊的心脏。随着黄教的广泛传播，红祭逐渐被废除，改为白祭。白祭主要指的是以酒和奶制品来祭祀。此外，祭天时指定一只羊为“供品”，但不把它宰杀，给戴上“色得尔”（表示神圣的记号，即给羊脖子上拴上彩色布条）后给天磕头。戴“色得尔”的羊是神圣的，是腾格里的财产，任何人不得冒犯，不得宰杀，直至它自然死去。
祭地:祭地也是蒙古人自然崇拜的一种。蒙古人有“天父地母”之说,认为大地上有名的山川和奇特的草木都有自己的主神。蒙古人把鲜奶和奶酒每天早晨酹向所在地的山巅，表示致祭。蒙古人非常崇敬具有奇特形状和颜色的山崖、丘陵山及温泉，认为那里有精灵居住，因此祭祀它们的同时,又禁止人们在那里砍柴，杀生和动土。
祭敖包:这是蒙古民间最普遍的一种祭祀活动。敖包是草原上习见的供人祭祀的山堆,顶上要插柳枝为丛，立竿为柱。“垒石成山”,“视之为神”，它是山神、地神及游牧民族保护神的化身，是萨满教原始崇拜的典型。祭祀时间一般在农历5-7月,祭礼仪式一般由扎萨克喇嘛、王公贵族主持。喇嘛要焚香颂经。而每一过路人都在敖包上面放石子或随手拾到的东西，同时乞灵于被假想在那里的神。过路人边祷告放石敖包上面，边伸手向前乞求保佑一路旅行平安。
祭火:祭火也是蒙古族最古老的祭典之一。在新疆蒙古人的日常生活中至今还保留着一些遗迹。在节日喜庆、婚丧大事上祭天、祭地之一就要祭火。点灯节（农历十月二十五日）就是祭火的一种表现，是典型的黄教活动中渗合着萨满教遗迹的表现。
“萨满”一词源自通古斯语Jdamman，意指兴奋的人、激动的人或壮烈的人，为萨满教巫师即跳神之人的专称，也被理解为这些氏族中萨满之神的代理人和化身。萨满一般分为职业萨满和家庭萨满，前者为整个部落、村或屯之萨满教的首领，负责全族跳神活动；后者则是家庭中的女成员，主持家庭跳神活动。萨满，被称为神与人之间的中介者。他可以将人的祈求、愿望转达给神，也可以将神的意志传达给人。萨满企图以各种精神方式掌握超级生命形态的秘密和能力，获取这些秘密和神灵力量是萨满的一种生命实践内容。
明代蒙古人的宗教信仰新旧并存并且复杂多样，既有古老的图腾崇拜，又有原始的萨满教；既有蒙元时代颇为流行的景教信仰，又有西域回回人信奉的***教。至于蒙古人在16世纪末叶第二次改宗，引进藏传佛教新兴的一支格鲁派黄教后，黄教成为明代蒙古人的主要宗教信仰。
一、马儿古儿吉思可汗的景教信仰及相关事迹
北元蒙古大汗兀客克图合罕马儿古儿吉思（keg-tuqaγanMargurgis），太松可汗脱脱不花之幼子。马儿古儿吉思，明代汉籍又译作麻儿可儿、马儿可儿吉思、麦儿苦儿吉思、马儿苦儿吉思、马可古儿吉思等。萨冈彻辰《蒙古源流》中说，这位可汗名来自佚名《黄史》。keg-tu，意为“坐在驮箱里的”，因年龄幼小当出征时放在驮箱里而出名。明朝人从这位可汗开始称年幼的蒙古大汗为“小王子”。
关于马儿古儿吉思这个蒙古可汗的名字，日本学者冈田英弘早已指出：“其名即叙利亚语‘圣乔治（SaintGeorge）’之谓也。叙利亚语为景教（NestorianChristianity）之公用语。由此可证该教之遗脉于十五世纪尚存于蒙古。”1
杨绍猷先生说：“景教也没有在蒙古绝迹，马可古儿吉思（乌珂克图汗）的得名亦与景教有关。”2乌兰援引法国汉学大师、大蒙古学家伯希和的结论，进一步解释说：“Margurgis，来源于叙利亚语，Mar是聂斯脱里派基督教教职名，gurgis原音为Giwargis（相当于英语中常见的George——乔治），转为突厥语和蒙古语的Krgus或Grgus，再转为Kurgis或Gurgis。”3
马儿古儿吉思可汗是北元蒙古大汗中惟一一位信仰景教4的人。这说明元朝灭亡后，在退回到草原的蒙古人中，仍然有人在信奉景教。两《黄金史》（即佚名《黄金史》和罗桑丹津《黄金史》，下同）对这位大汗的事迹记载很简略。佚名《黄史》说，瓦剌的首领也先因内讧死后，太松可汗的小哈屯萨睦尔太后拥立他即位，后被成吉思汗之弟哈赤温后裔多豁郎台吉（Doγolangtayii）所弑杀。萨冈彻辰《蒙古源流》此段内容基本上来自佚名《黄史》，但说多豁郎台吉为doloγantumed之人，即相当于汉籍的多罗土蛮（即七土默特）部人。此人即明代汉籍的瘸太子或瘸王子。
据《明实录》载，马儿古儿吉思可汗在位12年，即从明景泰六年（1455）到成化二年（1466）。据17世纪蒙古文史书，他是由哈剌嗔（Qarain，清译喀喇沁）部的孛来太师拥立的。据明代汉籍可知，孛来杀死瓦剌强酋阿剌知院之后自任太师，并拥立马儿古儿吉思为可汗。他与另一位东蒙古的强臣别里古台后裔毛里孩王相争，把持马儿古儿吉思可汗时期的朝政长达10年之久。他在明成化元年（1465）十一月为毛里孩王所杀。5
两《黄金史》所记马儿古儿吉思可汗的在位年与《明实录》的记载出入不大。6佚名《黄史》、萨冈彻辰《蒙古源流》所说他被多豁郎台吉所杀与明代汉籍中所记他为孛来、瘸太子二人所害相符。
二、瓦剌异姓贵族的***化
17世纪蒙古文史书中记载的巴秃剌丞相（Batulaingseng），蒙古学界一般认为即明代汉籍中记载的马哈木（此名系阿拉伯文Muhamud或Mahmud，回回***常用男性经名，意为“被赞颂的”），而阿速惕人阿鲁台太师（Aruγtaitayii），即明代汉籍中记载的东蒙古强臣阿鲁台；阿台可汗（Ataiqaγan）即明代汉籍中记载的阿台。蒙古文史书又说，巴秃剌丞相之子为巴黑木。乌兰在其《〈蒙古源流〉研究》一书中指出，霍渥斯、和田清、伯希和等多数学者都认为巴黑木即马哈木的同音异译，而《蒙古源流》误为马哈木之子脱欢的原名。7