在红莲岛上经历了火热的爆炎对战后，小智与夏伯的战斗达到了高潮。经过激烈的交锋，喷火龙凭借地球上投的招式成功压制了鸭嘴火龙，最终取得了胜利。获得胜利的瞬间，小智也获得了珍贵的第七枚徽章。
然而，此刻的小智四人必须立刻搭乘红莲岛的联络船返回枯叶市港口。正当他们准备启程之际，一件令人意外的事情发生了。
“卡梅卡梅……”的声音在红莲岛的码头响起，小智四人惊讶地发现，水箭龟队的小老四竟然在这里出现了，他戴着圆滚滚的小墨镜，一副急匆匆的样子。紧接着，水箭龟老大也赶来了现场，他扶着下巴沉思片刻，然后戴上太阳眼镜。
小智看着这两个小戏精，不禁有些头疼。他急忙询问发生了什么事情，但水箭龟们似乎非常激动，手舞足蹈地比划着。无奈之下，小智只好拿出自己的唐刀，用刀背轻轻敲了一下水箭龟的脑袋，试图让他们冷静下来。
经过一番交流后，小智终于明白了事情的经过。原来，大木研究所的后院发生了一些意外情况，原本安静祥和的后院变得紧张起来。后院的池塘也发生了异常变化，变得不再平静。这一切似乎都与水箭龟们有关，它们急切地想要告诉小智这个重要的消息。
在一个夜色深沉、风声呼啸的夜晚，水箭龟队集体踏上了一场未知的冒险之旅。他们离开了熟悉的真新镇，沿着广阔的海域，开始了他们的龟龟大探险！
起初，他们的活动范围仅限于真新镇附近的海域。然而，这支由四只训练精良、体能充沛的水箭龟组成的队伍，在海洋中的影响力却不容忽视。他们的巡逻海域逐渐扩大，勇气与好奇心引领他们向着更远的海域探索。
一天，他们来到了名为“克美波妹”的岛屿，发现岛上居住着一个杰尼龟的族群。秉持着共同成长的信念，水箭龟队开始在这里拓展势力，组建卡咪龟队的小社团。他们的努力初见成效，成功收编了几只杰尼龟。
然而，这座岛屿上还存在一只强大的头目水箭龟，作为岛上的统治者，它对于这四个年轻的水箭龟并没有太过在意。这让水箭龟队有些大意了，他们觉得逐步收服杰尼龟的过程过于繁琐，于是决定直接挑战岛上的头目水箭龟
这场冒险变得惊心动魄，结果水箭龟队的老二和老三被重创，现在只能躺在岛上的龟之岛休养。老四为了寻求帮助，匆忙逃出了岛，却正好遇到了小智一行人。小智等人听完老四讲述的这段惊心动魄的经历后，都感到十分惊讶和无奈。小霞感叹宝可梦世界的复杂多变。小刚则表示理解，男孩子确实容易做出这种勇敢而冲动的傻事。
现在情况紧急，小智决定不能放任不管。他带领大家决定前往岛上看看，希望能提供帮助。就这样，他们告别了近在咫尺的联络船，踏上了前往“克美波妹”岛的冒险之路。
小智四人找到了一艘小舢板，乘坐其上，由两只卡咪龟和小霞的宝可梦共同拉着前行。航行不到半小时，一个巨大的无名岛屿宛如龟甲般浮现在他们的视野中。
“就要靠岸了，你们看。”小刚指着前方说。
“这座岛叫什么名字？”小霞好奇地询问。
小智回应道：“这是克美波美岛，一个地图上无名但有众多杰尼龟的龟之岛。”
一听到“杰尼龟”，小霞顿时来了兴趣。
而在他们背后，一艘潜望镜紧紧跟随着小智的船队。那是海面下由暴鲤龙驱动的潜水舰，火箭队三人组正在用力踩踏车轮。尽管武藏忍不住抱怨这些孩子们不按计划绕远路，但小次郎却满怀期待地踩着踏板。
当他们跟随卡咪龟们登陆后，一群杰尼龟从旁边的石头后面窜了出来，数量约有五六只。它们围绕着小智，发出欢快的叫声。水箭龟老大被指认了，紧接着是小老四。小杰尼龟们眼神亮晶晶地盯着小智，仿佛对他充满尊敬。小刚不禁疑惑地问道：“小智，这些杰尼龟怎么好像对你很尊敬的样子？”
小霞的困惑越来越深，“对啊，对啊。难道杰尼龟们真的都对红色衣物情有独钟？”她望着小智，眼中充满疑惑。
小智轻轻地解开手腕上的头巾，绑在额头，将帽子塞进背包里。“这个嘛，解释起来确实有点复杂。”他挠了挠头，目光转向那群杰尼龟，“你们在大自然中自由地生活吧，杰尼龟们。”
“杰尼！杰尼！”杰尼龟们纷纷发出欢快的叫声。其中几只聪明的杰尼龟甚至大胆地给小智指路。
沿着海滩，他们很快来到一个巨大的圆形岩石附近。只见一只体型庞大的水箭龟稳坐在石台上，周围环绕着一群忠诚的卡咪龟。
然而，他们的目光被另一幅景象吸引——水箭龟队的小老二和小老三被绳子束缚，分别被拴在水箭龟两边的炮筒上，仿佛两个随风摇曳的风铃。是水箭龟！”小智惊呼一声，迅速走上前去。
此时，十来只卡咪龟同时发动攻击，“水枪”喷射而出。然而，这些水枪并非针对小智，而是警告性地喷向他的前方。小智眉头紧锁，立即命令身边的皮卡丘准备应对。
突然之间，“皮卡！”一声震耳欲聋的呼喊从皮卡丘口中迸发出来，它全身电流涌动，凝聚出一道道雷电的力量。一道粗壮的雷电光柱，犹如天降神罚，从它身上猛烈爆发，将地面瞬间轰出一个深邃且漆黑的痕迹。周围的空气都被这股力量所震撼，仿佛时间在这一刻静止。
水箭龟的眼中也流露出一丝严肃与慎重，显然被皮卡丘的惊人力量所震撼。双方都展示出了强大的实力，显然这是一场势均力敌的对决。
小智站在双方中间，他用力拍了拍手，试图平息这场紧张的气氛。“伙伴们，我想我们应该暂时停止展现力量。”小智平静而沉稳地说道，“我们需要坐下来，好好谈谈，找到和平共处的方式。”