天子令下，锦衣卫和东厂迅速出动，他们明察暗访，乔装打扮四处出击，只要听到一点风声不管是谁直接抓来严密审问。 .
这一次追查行动，田尔耕和宗二都把目光瞄准了权贵们，因为王恭厂是军事重地，制造和囤积*的地方，一般人是进不去的，只有内部的人和一些权贵们有这个权力，他们自然把主要侦查对象锁定在某些权贵和兵部的一些大臣身。
随着案子的侦查的范围无限的扩大，田尔耕做事不顾后果，只要有点嫌疑的抓人，以至于许多新派官员也被牵扯进去。
朱由校对此甚为不满，将他召进宫内，一番严加斥责后，暗暗的指示他，新派官员不得妄动，他们大多职位不高，且多支持新政，不会做出这种丧尽天良的事来，重点侦查权贵和反对新政的官员。
田尔耕心神领会，明白了皇帝的意思。
京师已经沸腾了，唯独皇宫还保持着一种表面的平静，由于宫廷森严的秩序，人们在明面不敢谈论这件事，至少不会让朱由校听到。
被抓进锦衣卫诏狱的不是达官是显贵，个个都十分有钱，他们为了免受皮肉之苦和被栽赃陷害，都纷纷贿赂田尔耕，有的甚至直接赠送土地豪宅，以求免受侦查。
这可是难得的发财之道，田尔耕又一次碰了这么好的机遇，以前这些权贵们还没机会敲诈一番，这次，只要你往他们家门口一站，整个府下都得吓趴下，他们还不乖乖的把钱给他送过去，这可是要多少给多少，绝不含糊。
十天过去了，田尔耕和宗二都没有查到结果，这让朱由校十分不满。
这件“爆炸案”绝对是精心策划的，想查出来绝对不容易，算逮住真凶也不会承认，这是诛灭九族的大罪，宁可受刑致死也不会承认。朱由校想要的是反其道而行之，他们不是想制造事端引起混乱吗？我趁着借着此案彻底清洗反对新政的达官显贵们，为日后的新政扫除障碍。
但是，田尔耕和宗二没有完全领会他的心意，一个趁机敲诈勒索，一个真真的查办案子。
朱由校对此十分的不满，愠色的对他们俩说：“你们查不出来让朕如何向天下臣民交代？如何向死难的百姓交代？”
两人战战兢兢，伏地叩首，“微臣无能，辜负陛下重托。”
“东厂侦办最是不利，十天竟然没给朕提供一个嫌疑人！锦衣卫倒是不少，结果都放了，也没抓到一个！”
“微臣无能，微臣无能……”两人磕头如捣蒜一般自责。
“不是你们无能，是欺朕！”朱由校板着脸喝道：“宗二，你下去！这事不用你管了！”
宗二冒着冷汗，浑浑噩噩的退出乾清宫，只剩下田尔耕一人跪在地，没有人作伴，他显的更为惶恐。
宗二退出了乾清宫，在外面透了一口气，额头的冷汗已经挂满了，滴滴成柳的流下来，他擦了擦汗水，惶恐的自言自语：“焉知祸福啊！”
此时周围已经没有人了，朱由校撤去了乾清宫内所有的太监宫女，只剩下他和田尔耕两人。在静静的殿内连人的呼吸声都听不到，静的很可怕，田尔耕更加不自在了。朱由校蹲下身子，靠近把脸贴近地板的田尔耕小声的说：“朕让你重点查权贵和反对新派的官员，你这么的查的？都放了？”
“他……他们没罪。”
“宁可错杀一千，也绝不使一人漏！”朱由校铮铮道：“捏造罪名是你们锦衣卫的拿手戏，这还给朕办不好么？！”
田尔耕彻底的明白了，皇帝是要借着机会清理这些旧势力。这招够狠！皇帝看去年轻，城府却如此之深。
他没有了选择余地，锦衣卫指挥使是为皇帝服务，绝对服从皇帝的命令，不折不扣的执行皇帝的意志。他不按照皇帝的意志去做，结果可想而知。
“臣，臣明白。”田尔耕更咽了一口唾沫，艰难的吐了出这几个字。
“好！”朱由校起身，吐出一口气，严肃道：“朕给你七天时间，等你消息！”
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本以为安然无事的亲贵们，刚从锦衣卫的诏狱出来，再一次的被投入了诏狱，原本把整个神经绷紧的人们再一次的陷入了恐慌，而且这次恐慌用钱也买不到平安了。
田尔耕把他们再次抓起来，严刑逼供，直至招认，他们再送钱也无济于事了，田尔耕忽然变得一下子十分的清廉，一钱不收。
他们大骂田尔耕是无耻小人，哭喊着自己冤枉，然而，在深深地诏狱里除了锦衣卫们，不会有人再听到他们任何的声音。
有的人身子娇弱，经不起折腾，没多久死在了诏狱里。还有招认的，朱由校直接大笔一挥，押赴刑场，公布他们的罪行，在众多百姓面前处斩，并当场宣布家产充没，用于灾后受损百姓家园的重建费用。
百姓们是无知的，朝廷说什么他们信什么，只要坏人受到惩罚，他们的损失能得到补偿心满意足了。
但是官员们却不满，纷纷书指责锦衣卫滥用刑法，严刑逼供，致使这么多人死在诏狱，让许多亲贵们人心惶惶，朝不保夕，有的甚至被吓疯了。
亲贵们多有爵位，只要在此案定罪的，朱由校都将他们的爵位剥夺，取消一切特权，只保留财产。这样，在政治进一步打压了权贵们的势力。
但是，官员们也不傻，他们逐渐看出来了，这是喊着口号查大案，实际是清洗政敌！
孙承宗、徐光启虽然不喜欢那些那些排挤他们的官员，也痛恨亲贵们百般阻挠新政，但他们俩也不愿意看到血雨腥风，还不至于把政敌置于死地。这么多的人被冤杀，激起了他们俩的不满。
他们甚至明白这是皇帝授意的，因此直接进宫，当面规劝朱由校杀伐太过，只有桀纣那样的暴君才能做出这样的事。
面对两人的义愤填膺，朱由校倒也不生气，说：“太祖爷曾因郭恒一案杀尽朝官，空印案杀尽天下府县官员，与朕，可谓如何？”
孙承宗正色的回道：“太祖圣武天聪，郭恒一案牵扯虽多，都是贪腐所牵，空印案也是各地府县官员违反朝廷规制，太祖用法严过，但无伤太祖圣明！陛下不分清白，牵连这么多官员和亲贵，只怕天下难服！”
“朕用法虽猛，但却利于天下！”朱由校的眼神泛起了一丝的伤感，说：“朕这么做都是为了推行新政。你们跟随朕这么多年了，还没感受到推行新政的艰难吗？现在已到了不改必亡，晚改也亡的地步了。朕不想做亡国之君，也不想让祖宗的江山在朕的手里终结。北有女真为患，南有奢崇明叛乱，东南沿海不靖，朝廷武备久弛，内忧外患，处处需要钱粮，国库不丰如何应对？！你们都是内阁辅臣，财政多紧张你不清楚吗？！”