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额而大蛇丸本人也被须佐能乎的“十拳剑”刺中而封禁在葫芦里，佐助的咒印也随着大蛇丸被封印而从此消失。
此时佐助与鼬都已到了极限，佐助连写
轮眼都使不出来了，鼬的双眼已经几近失明，而且不断吐血，须佐能乎也差点消失。面对鼬强大的“须佐能乎”，佐助唯有不断以草薙剑和引爆符进行攻击，但都被鼬的须佐能乎所持的“八咫镜”弹开。鼬步步迫近，佐助则节节后退。最后，鼬微笑着在佐助的额头前轻轻点了一下，说道：“原谅我，佐助，这是最后一次了。”接着就此倒下。天空渐渐变暗，阵雨迷蒙，天仿佛在哭泣一般，而天照之火仍在不灭地燃烧着。当佐助看见旁边的鼬再也不动后，他明白鼬已经死亡，凄凉地笑了一下之后倒在了鼬的旁边，兄弟二人并列躺在地上，仿佛永远隔绝的存在。
“面具男”找到并救起已经晕倒的佐助，他对佐助宣称自己就是“宇智波斑”，同时告诉了他家族与木叶曾经的恩怨，以及鼬的真实身份。原来，鼬是木叶的双重间谍，当年一族意图谋反，为了防止战争的爆发鼬才选择亲手灭掉家族。而鼬其实一直都在暗中保护佐助，当年他以不杀佐助作为同木叶高层谈判的条件，并将佐助托付给三代目，因为在鼬的心中，佐助比木叶更加重要。佐助得知真相之后开始慢慢回忆起鼬的过往，渐渐相信了“面具男”所说的一切，愤怒与悲伤使得他开启了万花筒写轮眼。他将“蛇”改名为“鹰”，并决定刺杀逼死鼬的幕后黑手──志村团藏等三位木叶高层，以及摧毁对家族实行灭族政策的木叶。
捕捉八尾
佐助率领的“鹰”与“面具男”所率的“晓”暂时联手，作为条件，“鹰”为“晓”捕捉身处雷之国的八尾人柱力。在云雷岟上，佐助与完美八尾人柱力奇拉比交锋。由于咒印力量的消失，又是刚开眼的首次作战，导致前期战斗有些吃力，连续两次被其击倒，后“鹰”合力将奇拉比逼退。奇拉比是忍者历史上罕见的能完美控制尾兽之力的人，他完全尾兽化并对“鹰”步步紧逼。佐助眼见身边的队友们为了自己不惜生命，想起了以前的第七班，使用万花筒写轮眼释放了──“天照”。熊熊的黑色火焰在八尾身上燃烧，将八尾逐步吞噬，而八尾在挣扎间，将带有黑火的一条尾巴打向香磷，佐助当即使用千鸟锐枪割断该部分，但断尾仍然击中香磷背部，身上也燃烧起了黑炎。佐助为了保护同伴，情急之下将香磷身上的火焰熄灭，同时也熄灭了八尾身上的火焰，“鹰”返回。然而八尾已经利用佐助为了救香磷而割断的断腿逃生，但“鹰”捕捉八尾的行动却惊动了奇拉比的兄长──现任雷影艾。
五影会谈
“鹰”在一番修整之后决定
向木叶进攻，不过途中被告知木叶已被摧毁，于是转变目标，潜入五影大会，准备刺杀代理火影的团藏“鹰”由绝带领其前往五影大会会场，在到达之后被绝出卖。绝告知五影佐助潜入的消息，愤怒的雷影立马开始寻找佐助，随后找到了目标并开战。雷影的实力异常强大，战斗中佐助使出千鸟及天照，并在此战中首次开启须佐能乎，但均相持不下。为了阻挡雷影，佐助使用炎遁加具土命，可谁知雷影选择玉石俱焚，宁可同归于尽也要坚持攻击佐助。此时五代目风影我爱罗出现，使用砂之盾隔绝了二人间的相互攻击，雷影暂时退下治疗断掉的左手，而佐助则对上了我爱罗等四人。战斗中佐助使用须佐能乎，阻挡众人的合力攻击，并随即放弃与众人继续纠缠，直奔团藏所在的会谈场所。
在会场，佐助见到了团藏，但却被与“晓”有深仇的水影照美冥缠上，团藏亦在此时趁机逃脱。水影拥有溶遁、沸遁两种血继限界，而佐助因连续与多名高手交战，导致查克拉不足，同时过度地使用须佐能乎造成全身每一个细胞都疼痛不已，无法抵挡水影的忍术。这时白绝赶来解围，佐助虽然脱困但已筋疲力尽，此时土影大野木却突然出现并使出尘遁。在所有人都以为佐助已死的时候，“面具男”架着因查克拉消耗过量而昏迷的佐助出现了，随即将香磷和佐助转移至时空间，让香磷为佐助治疗。“面具男”对着风、雷、土、水四影说出了“月之眼计划”，并威胁其交出八尾和九尾的人柱力。四影在“面具男”的逼迫下仍未改变决心。最后，“面具男”宣布第四次忍界大战开始了。
“面具男”出现在逃离
会场的团藏面前，在打败了团藏的两个随从后，“面具男”从时空间里放出佐助与团藏对决。佐助质问团藏关于鼬的真相，在团藏说出真相、称鼬为木叶的叛徒之后佐助的怒火爆发，用须佐能乎将团藏捏碎，但此时团藏却又再次出现在佐助身后，两人继续对决。佐助不断使用天照、须佐能乎等招数“杀死”团藏，但团藏仍能不断“复活”，而团藏更抓住机会使用咒印将佐助定住。
在即将被团藏杀死之际，佐助回忆起了鼬的事情，须佐能乎升级，冲破咒印扭转局势，而团藏那种杀不死的能力的真面目也渐渐浮出水面。据“面具男”所言，那是连宇智波一族都将其列为禁术的绝招“伊邪那岐”。在经过了一番艰苦的对攻持久战之后，佐助灵活应用幻术使得团藏误判了形式，将团藏击倒。濒死的团藏不甘心失败，竟挟持香磷做人质，佐助此时被仇恨冲昏了头脑，用千鸟锐枪将香磷和团藏的要害一起刺穿。苟延残喘的团藏最后发动“里四象封印”，试图将”面具男“和佐助一同封印进体内，但最终也未能成功。
佐助打败团藏后，樱、卡卡西、鸣人先后赶来，第七班重聚。佐助的千鸟与鸣人的螺旋丸再次对峙，双方在精神世界里交谈，两人始终未能达成一致，但佐助答应了鸣人的决战约定，之后和“面具男”一起离开了现场。由于频繁使用万花筒写轮眼，佐助的视力严重下降，趋近失明，他决定听从“面具男”的建议，移植鼬的眼睛。
兄弟联手
佐助成功移植了鼬的眼睛
，瞳力的融合使得双眼升级为永恒万花筒写轮眼。他杀死了监视自己的白绝本体，出关上战场。途中佐助无意间看到被秽土转生的鼬，随即跟了上去。佐助了解到鼬是为了前往阻止秽土转生，鼬答应会告诉佐助想知道的一切，但必须先活捉药师兜。兄弟二人在战斗中互相配合，找回了尘封已久的默契。最终，鼬以一族的禁术“伊邪那美”将兜控制，并让他说出解开秽土转生的结印式，从而解开了秽土转生。战场上因兜操纵秽土大军而混乱不堪的战况得以控制，所有被转生者开始灵魂升天。