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佐井由他的上司团藏安排加入第七班见赤砂之蝎安插在大蛇丸集团的间谍的任务。离开木叶后，佐井就开始说佐助的坏话，还因此被樱一拳击倒。一路上，佐井与其他队友经常斗嘴，关系紧张。
没有过去，亦无未来
当见到间谍药师兜后，大蛇丸突然出现，想要把伪装成赤砂之蝎的大和杀掉。之后，鸣人与大蛇丸展开战斗，佐井趁机离开，执行他真正的极密任务。佐井接近了战斗结束后的大蛇丸，并用团藏的一封信取得大蛇丸的信任，于是和药师兜一起返回老巢。
在回到大蛇丸的老窝后，佐井见到了佐助。佐助对佐井的出现毫不在意，佐井的一席话还引起佐助不满，这令没有感情的佐井都不寒而栗。佐井之后就被囚禁在一间牢房里，第七班其余成员就是在此找到佐井的。
于是，佐井便透露了他的真正任务，即让大蛇丸与团藏联手，摧毁木叶。鸣人一行人便把佐井抓住，并开始寻找佐助。佐井对他们的计划不抱希望，他认为佐助已经离开鸣人。可鸣人回答道，以前他很讨厌佐助，但经历成为队友的时光，他们已成为最好的朋友。鸣人的话似乎打动了佐井，之后他便一句话都没说。
这时候，兜却出现了，放开了佐井，想让他作为队友击败第七班，可意外的是，佐井反而制伏了兜。之后，鸣人和佐井分在一组搜寻佐助，当他们休息时，佐井发现鸣人很像他死去的哥哥，并立刻在他的画书上画上了他和他哥哥的笑脸，佐井这时才展现真正的微笑。大蛇丸的到来打破了这短暂的欢乐回忆，鸣人拖住大蛇丸，佐井则继续寻找佐助。一方面，佐井逐个房间进行搜查，另一方面，由于大和和樱的加入，大蛇丸撤退了。不过大和发现了佐井的任务笔记，上面写着“杀掉佐助”。
佐井第一次真心的笑
于是，鸣人等人分头寻找佐井，阻止他进行任务。可佐井还是抢先一步找到睡梦中的佐助，使用忍术想抓住佐助，却被佐助发现。佐助问佐井这样做的目的，佐井告诉他自己不准备继续任务，而是把佐助带回鸣人那里。打斗引来了第七班的其他队员，经过一番激战，佐助还是跟着大蛇丸走了。虽然鸣人再次失去佐助，可他得到了另一个伙伴佐井。
飞段角都篇
在第七班重组后，佐井利用业余时间到木叶图书馆学习与人相处的技巧，不过书本上的与实际毕竟有差别，佐井在实践中困难重重，不过鸣人却时时鼓励他，在一次第七班与第十班聚餐时，因此佐井用反话称呼井野为“美女“。佐井后来参与援助第十队的追捕飞段角都任务，因为奈良鹿丸与其他队员分开战斗，佐井与春野樱前去支援，不过赶到时奈良鹿丸早已打败了飞段，最后两队队员安全返回木叶忍者村。
追捕宇智波鼬篇
回到木叶忍者村后，鸣人、佐井一行人去吃拉面，鸣人由于在前次战斗中右手受伤，难以吃拉面，于是佐井喂他吃，被鸣人拒绝，最后卡卡西来喂鸣人吃拉面。他们离开时，木叶丸出现，用“色诱术女女术“向鸣人挑战，这被小樱评价为无聊忍术，木叶丸不服气，用了另一个“色诱术男男术“，就是复制的佐助和佐井。樱流鼻血，鸣人则像被雷电击中一样，而佐井却一脸茫然。
佐井看书
五影大会篇
鸣人向他询问团藏的真实身份，佐井却因为被下了毒咒不能提及此事否则会因为麻痹而全身无法动弹。与云隐使者奥摩伊交手后，得知佐助抓走云隐导师一事。
后来与李洛克、犬冢牙、春野樱到铁之国寻找鸣人踪迹，与鸣人顺利汇合，事后与李、牙、樱离去，但跟随樱等人的是他的墨分身，他告诉鸣人，与鸣人同期的木叶忍者加入了将佐助杀死的行列，连樱也下定决心准备与佐助做个了断，使鸣人震惊不已。途中被樱放的迷雾昏倒在地上，清醒后得知团藏死讯，与其他根成员讨论接下来的事。
忍界大战篇
第四次忍界大战即将正式开战，各忍村紧急组建忍者联军。佐井被分配到勘九郎的埋伏部队，出发前还想要为勘九郎取昵称。他利用水墨忍术召唤飞鸟，令埋伏部队能够迅速前进战场，结果遇上了迪达拉与赤砂蝎的伏击部队。在那群被秽土转生之术召唤出来的忍者当中，佐井意外看到自己的大哥也在被召唤出来的忍者行列，但他的大哥当面劝吁佐井快点离开现场。战斗中，佐井一度被迪达拉的引爆黏土炸伤。迪达拉出言嘲笑佐井的水墨忍术不能够称作艺术，因为大哥受到操控而愤怒的佐井，利用水墨忍术召唤出两名巨人和一头巨鸟，从迪达拉与蝎的背后展开袭击将两人从空中击落。
封印术虎视眈弹
与此同时，他的大哥看见佐井珍藏的画册中，两人握手微笑的画面，回忆生前佐井说过要为他绘图的记忆。原本佐井在无奈的心情下，转头对大哥表示准备终结两人之间从未开始的决斗，但是他的大哥因为见到佐井的画作而心满意足，灵魂因此得以解脱，消失在佐井的面前。佐井含泪目送大哥，并且暗地道出了感谢。5
及后他召唤出水墨飞鸟再度前进，却遇上桃地再不斩与白，被白的忍术击落地面20。后来在地面的战争中协助卡卡西以封印术封印前忍刀七人众的西瓜山河豚鬼。
在新三忍鸣人、佐助、樱到达战场并使出通灵术后到达，想从空中攻击十尾，却被十尾击落。后佐助显现出黑暗的一面，樱眼中有莹莹泪光却强颜欢笑，佐井说，我正是对他不够了解，才能更冷静地分析，我不能信赖佐助。他在心里对樱说，我知道你的那抹微笑是个彻头彻尾的谎言。21
之后，在与鸣人、佐助对战身为十尾人柱力的宇智波带土时，和忍者联军的其他人一道救出了被困在带土体内的尾兽们，之后支援鸣人封印被千手柱间暂时压制的宇智波斑，在使用封印术虎视眈弹即将将斑封印时，由于斑利用黑绝控制带土发动轮回天生之术将自己彻底复活，导致封印被斑挣脱而失败。
宇智波斑发动无限月读时，佐井跟忍者联军其他人一道身中幻术并被神树缠绕，后鸣人与佐助联手解开无限月读，佐井重获自由，第四次忍界大战以忍者联军的胜利宣告结束。卡卡西忍界着名的拷贝忍者，大蛇丸木叶传说中的三忍之一，那么问题来了，前期卡卡西为何惧怕大蛇丸呢，其实卡卡西的写轮眼给出了答案。
在木叶中忍考试的时候大蛇丸来到了木叶，而大蛇丸这次来到木叶有两个目的，一是为了向木叶复仇，二是为了一种力量写轮眼。在中忍考试的时候大蛇丸还是有所收获，他遇到了写轮眼的继承人，这位人就是宇智波佐助了，在见到佐助的时候大蛇丸就将咒印之力移植到佐助的体内，而佐助为了复仇必定会找大蛇丸的。