小樱一把抓住佐井的衣领：“你究竟要背叛我们几次”这时佐助说：“他就是我的后补吗又进来了个天真的家伙，说什么要保护我和鸣人的羁绊。”
佐井一面对小樱说：“我已经不在乎任务了”，一面对佐助说：“鸣人和小樱为了你拼死追到这里，你应该能够理解这份羁绊。”
佐助回答：“我理解，但现在我已经有了名为复仇的羁绊，太多羁绊只会让自己迷茫，所以我要在这里斩断”佐助决心这次要杀掉鸣人。
这个时间点，佐助的实力远在鸣人之上，他的写轮眼已经能够抑制鸣人体内的九尾。当佐助准备使用新开发的s级忍术麒麟时，大蛇丸和兜拦住了他。兜：“留他们一命吧，让他们多干掉几个晓的成员。”这让佐助好不容易下定的决心动摇了，只好跟着大蛇丸离开。这次行动，鸣人他们没能带回佐助，但他们收获了第七班的新同伴，佐井。
回到木叶后，佐井向团藏复命，没想到团藏不但没有责罚他任务失败，还答应了他留在第七班的请求。只是看到他露出真心的笑容后，提醒他：“情感只会滋生憎恨，而憎恨会制造战争。”今天的团藏出乎意料的不坏。
此后，鸣人意识到和佐助的差距，开始xiulians级忍术风遁螺旋手里剑，佐井则泡在图书馆，很努力的学习该怎样与人相处。之前想要融入第七班是为了任务方便，现在的他真心想和大家成为朋友，于是自上次的“假笑”后，他又学会了新技能：“绰号或爱称可以产生亲近感”，教科书上是这么写的。于是他向鸣人、小樱请教，该怎样给同伴起绰号。
小樱看到佐井的改变很开心，答道：“只要说对方的特征就好了。”于是佐井仔细端详了一下小樱，开始了实践“丑女”。看到小樱暴走，佐井还一脸无辜的问：“怎么了吗”
从根组织出来后，佐井的圈子不只有第七班，他还认识了木叶十二小强们，首先遇到的猪鹿蝶班。井野刚一见到佐井就脸红了，颜控的她兴奋对小樱说：“很帅呢，有一点像佐助。”小樱回忆着刚才的绰号，心想你太天真了。随后第七班和猪鹿蝶一起吃烤肉，井野坐在佐井身边，热情的给他夹肉，这时佐井的表演开始了。
他心想这是第一次见到新同伴，第一印象很重要，于是决定给他们起绰号。特征嘛看到因烤肉馋着流口水的丁次，佐井脱口而出：“肥”鸣人一把摁住他的嘴巴：“肥猪是丁次的绝对禁句，千万不能说啊”
于是佐井又将目光投向了身边的井野，井野倍感压力，小樱则在心里呐喊“上啊，佐井”不过佐井却从小樱的绰号惨案上吸取了教训，心想：“如果对女生直接说出特征会让她发怒，也就是要反着说。”他想了想，对井野说：“einu。”
井野先是吃了一惊，随后有些害羞，“不但人长得帅，说话也很直白呢“。但对面小樱再次炸毛了，小樱：“为什么遇到井野绰号就变成这样了”佐井再次被揍，这是一道双向送命题。
不过这是完全值得的，佐井的一句einu，在井野的芳心上纵了把火，不善言辞的他，最后被这个擅长读心的姑娘领回了家，出身于根组织，无名无姓的战争孤儿，终于有了自己的名字山中佐井。
佐井加入主角团后发生了很多事，他看着鸣人终于练成螺旋手里剑，打败了晓组织的角都他参加了第二次佐助夺回行动，观赏了前所未有的bazha，看到了宇智波一族的战场，以及鸣人的不甘他看到木叶村被佩恩毁于一瞬，团藏伺机登上火影之位，又死于佐助之手他看到了小樱为保护鸣人向他告白，被鸣人一眼看穿。佐井经历了他所缺失的世间百态，内心逐渐充满情感，当年根组织的那个封印术，似乎到了完成的时候。
后来第四次忍界大战爆发，佐井遇到了被秽土转生复活的信。看到哥哥被敌人操纵，还被制成了循环使用的zhadan，佐井怒了，用超兽伪画画出两尊罗汉，将敌人击落至勘九郎的傀儡陷阱中。而信也看到了那本他送给弟弟的画册，信：“原来如此，我终于看到了期待已久的画。”信再也没有遗憾，他确认了兄弟间的羁绊，也明白弟弟现在一定过得很阳光。
信冲破束缚，主动解开了秽土转生，灵魂升天，他们兄弟二人，无论生死，绝不为敌。
后来佐井所在的部队对上了雾隐忍刀七人众，对方实力强悍，同时拥有秽土转生的不死之身，相当棘手。于是忍者联军本部送来了那个根组织的巨大卷轴，希望佐井能够使出强力的封印术，为了战胜敌人，佐井只能尽全力试试。
刚开始的时候，他又像当年那样被负面情感吞噬，险些失控，但很快，他就意识到自己和从前不一样了，现在的他也有了很多同伴，有了各种各样的经历与情感。将保护同伴心意注入画卷，佐井终于完成了这个根之封印术虎视眈弹。
在动画中，这个虎视眈弹一招封印了忍刀七人众的兜割，而在漫画中，是封印了鬼鲛的上司西瓜山河豚鬼。可以推测，秽土转生的忍刀七人众大部分应该都被这个术封印了。甚至后来斑爷和柱间拼到两败俱伤时，佐井还试图用这招去捡漏。可惜当老虎咬到斑时，斑被轮回天生彻底复活了。
忍界大战结束后，佐井从木叶小强之十三变成了之十二，一开始他填补的是佐助的空缺，最后空缺变成了宁次。
值得一提的是，根组织在团藏死后便彻底解散了，出身于根的佐井成为了木叶暗部的队长，加上井野的山中一族一直都是木叶情报部的重要构成，所以当鸣人成为七代火影时，佐井已经统领木叶情报部门，和鹿丸一样身为火影的左膀右臂。唯一的遗憾是，他和井野的孩子，山中井阵竟然不穿露脐装自小父母双亡，父亲还是被逼sha，成为忍者后，最重要的两个同伴死在了他的面前，连师父和师母都壮烈牺牲，可以说只要是与他关系好的，除了凯全都死了，比惨，他谁都不输。但我们所看到的卡卡西，平时拿着本小黄书优哉游哉，对待学生和周围的人都是一副温和无害的样子，除了战斗中透露出的一丝杀伐果决，再难以看出他身上的阴暗面。不说与长门、带土这些怨念集合体相比，就是比起鸣人，他都显得更加阳光，毕竟鸣人还时不时吼着“你不懂人柱力的痛苦”之类的呢。那么到底是怎样的经历让卡卡西能够如此内敛呢本期就根据卡卡西少年时期和暗部时期的故事，来讲述他的内心世界是怎样形成的。
卡卡西的内心经历了5次重大转折，第一次是父亲的sha。卡卡西的父亲名叫旗木朔茂，以“木叶白牙”的称号闻名忍界，虽然剧中没有给出他的战斗画面，但者之书描述为：功力更胜“三忍”的天才忍者。有这样一位实力超群的父亲，使得卡卡西生来便带着一股傲气，不过，通过卡卡西与凯第一次相遇时的情景可以看出，这个时期的他虽然高傲，但还谈不上冷漠。面对入学考试落榜的凯，卡卡西在父亲的建议下主动与他打招呼，从此和这个热血过头的少年结下了不解之缘，两人既是伙伴也是竞争对手，在互相切磋中健康成长。